Federacja powstała w roku 1984 kontynuując działalność zlikwidowanego w roku 1981 Związku Zawodowego Marynarzy i Portowców.

Zrzeszała wtedy 11 zakładowych organizacji związkowych działających w polskich przedsiębiorstwach żeglugowych, rybołówstwa dalekomorskiego, Urzędach Morskich i Wyższych Szkołach Morskich. W ciągu minionych lat marynarski ruch związkowy uległ podziałom związanym z ogólną sytuacją polityczno - społeczną, Federacja ZZMiR jednak pozostała tą samą organizacją.

Od 1996 roku jesteśmy afiliantem Międzynarodowej Federacji Transportowców (ITF), pełnoprawnym członkiem międzynarodowej społeczności ponad 5 mln związkowców z całego świata zrzeszonych w związkach zawodowych tworzących ITF. Federacja jest członkiem oraz równocześnie współzałożycielem ETF od 1999 roku. ETF jest częścią ITF-u, zrzeszającą Europejskich afiliantów tej organizacji, zarówno w krajach Unii Europejskiej jaki i pozostałych państwach europejskich.

---

W chwili obecnej Federacja zrzesza 4 organizacje związkowe :

• Związek Zawodowy Marynarzy PŻM z siedzibą w Szczecinie.
• Związek zawodowy "Dalport" z siedzibą w Gdyni.
• Międzyzakładowy Związek Zawodowy przy PŻB S.A. z siedzibą w Kołobrzegu.
• Związek Zawodowy Pracowników Urzędu Morskiego w Szczecinie z siedzibą w Szczecinie.

  Federacja ZZMiR jest wpisana do Krajowego Rejestru Sądowego w dziale Rejestr Stowarzyszeń, Innych Organizacji Społecznych i Zawodowych, Fundacji oraz Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej.
  Federacja jest założycielem Fundacji "Astrum Balticum".