Organy Federacji działają na zasadzie kolegialności i odpowiedzialne są za realizację zadań statutowych. Kadencja organów Federacji trwa 4 lata.

Organami Federacji ZZMiR są:

1. Kongres
   Kongres jest najwyższą władzą Federacji, wybiera spośród delegatów Przewodniczącego Federacji oraz Przewodniczącego Komisji Rewizyjnej. Określa ilościowy skład organów Federacji i zasady ich wyboru, jak również zatwierdza program działania Federacji na każdą kadencję.



2. Rada Federacji
   Rada Federacji wypełnia obowiązki wynikające ze Statutu Federacji i programu działania oraz postanowień Kongresu. Jest naczelnym organem stanowiącym Federacji w okresie pomiędzy Kongresami Federacji, posiada wszelkie kompetencje Kongresu poza uchwalaniem zmian w Statucie Federacji i podejmowaniu decyzji o rozwiązaniu Federacji. Pracami Rady kieruje przewodniczący FZZMiR.



3. Komitet Wykonawczy
   Komitet Wykonawczy jest organem wykonawczym, kierującym działalnością Federacji pomiędzy posiedzeniami Rady Federacji. Komitet Wykonawczy odpowiada za pracę Biura Federacji, zapewnia administrowanie Federacją, zajmuje stanowiska w sprawach społecznych i gospodarczych, nie zastrzeżonych przez Radę Federacji. W jego skład wchodzą:


Przewodniczący FZZMiR
Wiceprzewodniczący FZZMiR
Sekretarz FZZMiR
Sekretarz FZZMiR
Członek KW


4. Komisja Rewizyjna
   Jest niezawisłym organem kontrolnym całokształtu działalności Federacji. Członkowie Komisji Rewizyjnej nie mogą być jednocześnie członkami Rady Federacji i Komitetu Wykonawczego.